Wydział Biologii

Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu

zaprasza

6 doktorantów

do udziału w projektach badawczych międzynarodowego programu studiów doktoranckich

w ramach

Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego

“Poznańskie Konsorcjum RNA”

 

Krajowe Naukowe Ośrodki Wiodące (KNOW)

Program Krajowych Naukowych Ośrodków Wiodących jest finansowany przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla wzmocnienia potencjału naukowego najlepszych polskich instytucji badawczych, tzw. okrętów flagowych polskiej nauki. W maju 2014 roku Poznańskie Konsorcjum RNA, w skład którego wchodzą Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu i Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, otrzymało status KNOW, jako jeden z zaledwie dwóch takich ośrodków zajmujących się naukami biologicznymi w Polsce (informacja na stronie Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego, oraz na stronie Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza).

Projekty badawcze studiów doktoranckich KNOW

Poznańskie Konsorcjum RNA poszukuje kandydatów do udziału w sześciu projektach badawczych prowadzonych w ramach międzynarodowego programu studiów doktoranckich KNOW (wysokość stypendiów naukowych w projektach to 3.000 zł/mies.). Krótkie opisy tych projektów są zamieszczone poniżej, a dokładne streszczenia są umieszczone w załączonych dokumentach.

  1. Rola i regulacja na poziomie transkrypcyjnym i potranskrypcyjnym nowo zidentyfikowanych jęczmiennych mikroRNA z rodziny miR444”,  (prof. Zofia Szweykowska-Kulinska). MikroRNA są krótkimi cząsteczkami RNA, które regulują ekspresję genów na poziomie potranskrypcyjnym. Pełnią one kluczową rolę przede wszystkim w kontroli rozwoju rośliny. Ostatnie badania wykazały także, że mikroRNA są zaangażowane w regulację odpowiedzi rośliny na stresy środowiskowe. Jęczmień jest rośliną o dużym znaczeniu ekonomicznym. Niewiele wiemy jak dotąd na temat jęczmiennych mikroRNA, ich prekursorów i genów. Celem tego projektu jest wyjaśnienie roli i wzoru ekspresji cząsteczek mikroRNA jęczmienia w różnych warunkach stresowych (link).
  2. Rola helikazy DDX5 w dojrzewaniu końca 3′ transkryptów zachowawczych histonów rdzeniowych w komórkach ludzkich„, (prof. Krzysztof Sobczak). DDX5 jest dobrze poznaną helikazą RNA zależną od ATP i dzięki aktywności modelowania struktury drugorzędowej RNA i rearanżacji kompleksów rybonukleoproteinowych, współdziała w takich procesach jak splicing, dojrzewanie pre-rRNA, czy dojrzewanie miRNA. Ostatnio wykazaliśmy, że białko to oddziałuje również z cząstką U7 snRNP, zaangażowaną w dojrzewanie końca 3′ pre-mRNA zachowawczych histonów rdzeniowych w komórkach Metazoa. Zadaniem doktoranta będzie zbadanie jaką dokładnie funkcję pełni helikaza DDX5 formowaniu/dysocjacji kompleksu U7snRNA:pre-mRNA histonowy w komórkach ludzkich (link).
  3. Badania strukturalne części rdzeniowej kompleksu odpowiedzialnego za biogenezę miRNA u roślin”, (prof. Artur Jarmolowski). Cząsteczki microRNA (miRNA) są małymi niekodującymi RNA o długości około 21 nukleotydów, które uczestniczą w licznych procesach komórkowych regulując ekspresję genów w oparciu o rozpoznawanie komplementarnych sekwencji w mRNA. U roślin najważniejsze etapy biogenyzy miRNA, dojrzewanie pri-miRNA oraz pre-miRNA, są przeprowadzane w jądrze komórkowym przez kompleks pięciu różnych białek. Celem tego projektu jest zastosowanie różnych metod biofizycznych do określenia struktury kompleksów białkowych zaangażowanych w biosyntezę miRNA (link).
  4. Rola oddziaływań białka Hfq z sekwencją kodującą mRNA w regulacji translacji”, (prof. Mikolaj Olejniczak). Biosynteza białek przez rybosom zaprogramowany matrycą mRNA jest ściśle kontrolowana na wielu etapach tego procesu. Jednym z mechanizmów kontroli translacji u bakterii jest zastosowanie małych niekodujących RNA, które są niezbędne dla adaptacji komórek bakteryjnych do zmieniających się warunków środowiskowych i które wpływają na wirulencję bakterii patogennych. Celem tego projektu jest wyjaśnienie funkcji białka Hfq w regulacji translacji przez bakteryjne sRNA (link).
  5. Identyfikacja genów tRNA i elementów tRNA-podobnych w sekwencjach genomowych”, (prof. Wojciech Karlowski). Projekt obejmuje bioinformatyczną analizę sekwencji genomowych. W ostatnich latach poznane zostały nowe mechanizmy molekularne związane z tRNA. Cząsteczki tRNA lub ich fragmenty są zaangażowane w procesy regulatorowe w odpowiedzi komórki na warunki stresowe. Celem projektu jest identyfikacja regionów wykazujących cechy tRNA w dostępnych sekwencjach genomów prokariotycznych, eukariotycznych i wirusowych. Dokładny opis projektu w j. angielskim (link).
  6. Ewoluujące sieci genowe inspirowane biochemią w świecie RNA”, (prof. Borys Wrobel). Projekt dotyczy obliczeń inspirowanych biologiczne, dyscypliny wiedzy na pograniczu nauki i inżynierii, której celem jest poznanie i tworzenie systemów złożonych z użyciem modeli obliczeniowych zaprojektowanych w oparciu o wiedzę dotyczącą systemów znajdowanych w naturze. Doktorant będzie zaangażowany w projektowanie i tworzenie oprogramowania, które następnie będzie używać do ewoluowania i analizy sztucznych sieci genowych.Dokładny opis projektu w j. angielskim (link).

 

Jak złożyć podanie

Podania powinny zawierać list motywacyjny, życiorys naukowy oraz listę ocen ze studiów (wraz z ich średnią). Należy także załączyć kopię dyplomu studiów magisterskich lub podać przewidywany termin obrony (nie później niż do końca czerwca). W podaniu aplikanci powinni wskazać, do którego projektu kandydują. W przypadku zainteresowania więcej niż jednym projektem należy podać listę maksymalnie 3 projektów w kolejności preferencji. Ponadto należy podać dane kontaktowe osoby, która mogłaby udzielić referencji na temat kandydata. Podania należy złożyć elektronicznie na adres e-mail rnaschool@amu.edu.pl do dnia 15 czerwca. W przypadku dalszych pytań prosimy o kontakt pod tym samym adresem.

W ocenie kandydatów będzie szczególnie brane pod uwagę: średnia ocen na studiach, zainteresowania naukowe, dotychczasowe osiągnięcia (stypendia naukowe, udział w konferencjach, publikacje, itp.), doświadczenie w pracy badawczej, staże zagraniczne i dobra znajomość języka angielskiego. Zależnie od wymagań wybranego projektu kandydaci powinni mieć ukończone studia magisterskie w dziedzinie biologii molekularnej, biotechnologii, bioinformatyki lub pokrewnych.

Wybrani kandydaci zostaną zaproszeni na rozmowę kwalifikacyjną, osobiście lub, w przypadku kandydatów mieszkających za granicą, poprzez Skype. Podczas rozmowy kandydaci będą poproszeni o przedstawienie prezentacji PowerPoint w j. angielskim dotyczącej ich dotychczasowych zainteresowań naukowych.

Wydział Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu

Wydział Biologii UAM ma siedzibę w Collegium Biologicum, budynku będącym częścią nowoczesnego, sfinansowanego przez Państwo, kampusu UAM Morasko. Wydział Biologii UAM oferuje światowej klasy infrastrukturę i sprzyjającą atmosferę, co razem tworzy wyjątkowe środowisko dla rozwoju nauki. Pracownicy Wydziału są zaangażowani w projekty badawcze finansowane z programów Unii Europejskiej oraz agencji krajowych, m.in. z Narodowego Centrum Nauki oraz Fundacji na rzecz Nauki Polskiej. Obecnie Wydział zatrudnia ponad 300 pracowników, z których około 200 to pracownicy naukowi, w tym 46 profesorów tytularnych. Akademicką społeczność Wydziału Biologii dopełnia 1600 studentów studiów dziennych i zaocznych oraz 120 doktorantów.